Polymerase Chain Reaction (PCR) Mendeteksi Virus pada Udang

 

(Dokumentasi Pribadi Gery Purnomo Aji Sutrisno)

 

Polymerase Chain Reaction (PCR)

Menururt Sukendra et al. (2009), PCR dapat digunakan untuk mendeteksi virus pada udang yang dibudidayakan. Virus yang menginfeksi udang dalam jumlah sedikit dan belum menimbulkan gejala penyakit pada udang dapat dideteksi dengan menggunakan teknik tersebut. Keberadaan virus dapat dilacak sejak dini karena DNA/RNA virus yang jumlahnya sedikit dapat digandakan dengan PCR sehingga keberadaannya dapat segera terlacak.

 

Metode PCR ini merupakan suatu metode amplifikasi atau penggandaan DNA yang spesifik dengan melakukan pemanjangan nukleotida dari primer yang merupakan pasangan komplemen dari untaian DNA dengan menggunakan mesin PCR. Pendeteksian dengan mengunakan metode PCR sangat sensitif, cepat, dan hasilnya akurat (Maharani et al., 2005). Tahap annealing terdapat salah satu faktor yang mempengaruhi keberhasilan amplifikasi DNA yaitu suhu karena proses penempelan primer pada utas DNA yang sudah terbuka memerlukan suhu optimal. Jika suhu terlalu tinggi akan menyebabkan gagalnya amplifikasi karena tidak terjadi penempelan primer, sebaliknya jika suhu terlalu rendah menyebabkan primer menempel pada sisi lain genom akibatnya DNA yang terbentuk memiliki spesifisitas rendah, sehingga sangat penting untuk mencari suhu annealing yang optimum bagi proses amplifikasi (Ludyasari, 2014). Proses PCR melibatkan beberapa tahap yaitu: (1) pra-denaturasi DNA templat; (2) denaturasi DNA templat; (3) penempelan primer pada templat(annealing); (4) pemanjangan primer (extension) dan (5) pemantapan (post-extension). Tahap (2) sampai dengan (4) merupakan tahapan berulang (siklus),di mana pada setiap siklus terjadi duplikasi jumlah DNA.

 

Penulis

Rosita Hasna Budiwardhani

FPIK Universitas Brawijaya Angkatan 2014

 

Publisher

Gery Purnomo Aji Sutrisno

FPIK Universitas Brawijaya Angkatan 2014

 

Daftar Pustaka

Ludyasari, A. 2014. Pengaruh Suhu Annealing pada Program PCR Terhadap Keberhasilan Amplifikasi DNA Udang Jari (Metapenaeus elegan) Laguna Segara Anakan Cilacap Jawa Tengah. Undergraduated Thesis. Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim.

Maharani, R. I., Suranto dan Zafran. 2005. Sensitivitas Berbagai Stadia Kepiting Bakau (Scylla paramamosainI Estampador) terhadap White Spot Syndrome Virus. Jurnal Bioteknologi. 2(1): 27-33.

Sukendra, S. H. D. Dan M. Yuhana. 2009. Keberadaan White Spot Syndrome Virus (WSSV) dan Taura Syndrome Virus (TSV) dan Infectious Hypodermal Haemotopoitic Necrosis Virus (IHHNV) di Tambak Intensif Udang Vaname Litopenaeus vannamei di Bakau Heni, Lampung Selatan. Jurnal Akuakultur Indonesia. 8(2): 1-8.

Share :